小編給大家分享一下mSignatureDB是一個(gè)什么數(shù)據(jù)庫(kù)，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！

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mSignatureDB是一個(gè)腫瘤突變特征的數(shù)據(jù)庫(kù)，以COSMIC數(shù)據(jù)庫(kù)中收錄的30種突變特征作為參照，分析了來(lái)自TCGA和ICGC中約15000多個(gè)腫瘤樣本中這30種突變特征的構(gòu)成。

數(shù)據(jù)庫(kù)的網(wǎng)址如下

http://tardis.cgu.edu.tw/msignaturedb/Browse/

通過(guò)Browse菜單，可以查看腫瘤樣本中30種突變特征的構(gòu)成，分成了以下3個(gè)層次

1. project

2. primary site

3. country

4. sample

結(jié)果以氣泡圖的形式呈現(xiàn)， 鼠標(biāo)點(diǎn)擊可以看到每個(gè)特征的具體貢獻(xiàn)率，示意如下

通過(guò)Search按鈕，可以查看以下信息

1. summary

給出了對(duì)應(yīng)的突變頻譜，結(jié)果示意如下

2. Ti/Tv

Transition/Transversion, 簡(jiǎn)稱(chēng)Ti/Tv, 表示置換/顛換比值， 結(jié)果示意如下

3. 與臨床數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)

將signature的構(gòu)成作為每個(gè)腫瘤樣本的特征，對(duì)樣本進(jìn)行聚類(lèi)，并探究與臨床信息的關(guān)系， 以腫瘤不同階段為例，結(jié)果示意如下

通過(guò)Analysis菜單，可以上傳自己的體細(xì)胞突變數(shù)據(jù)，進(jìn)行以下兩種分析

1. deconstructSigs，檢測(cè)樣本中30種 COSMIC refernce突變特征的構(gòu)成

2. WTSI Mutational Signature Framework,  利用和COSMIC相同的算法來(lái)識(shí)別mutation signatures, 本質(zhì)上是通過(guò)調(diào)用mutSignatures這個(gè)R包來(lái)實(shí)現(xiàn)

通過(guò)該數(shù)據(jù)庫(kù)不僅可以查看TCGA腫瘤樣本中突變特征的構(gòu)成，也可以對(duì)自己的數(shù)據(jù)進(jìn)行突變特征的相關(guān)分析。

以上是“mSignatureDB是一個(gè)什么數(shù)據(jù)庫(kù)”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內(nèi)容對(duì)大家有所幫助，如果還想學(xué)習(xí)更多知識(shí)，歡迎關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道！

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